O Μιχάλης Κλεισαρχάκης εργάζεται από τον Αύγουστο του 2015, ως Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (Ε.Δι.Π.) στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστήμιο Κρήτης στον Τομέα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων, Διδακτικής Μεθοδολογίας και Εκπαιδευτικής Τεχνολογίας με γνωστικό αντίκείμενο «ΤΠΕ στην Εκπαίδευση». Από τον Αύγουστο του 2015, στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστημίου Κρήτης, διδάσκω μαθήματα στην ειδικότητα «ΤΠΕ στην Εκπαίδευση» με ανάθεση αυτοτελούς διδακτικής εργασίας ως ΕΔΙΠ με διδακτορικό δίπλωμα και σύμφωνα με τις διατάξεις του την ισχύουσα νομοθεσία τα ακόλουθα μαθήματα:
• Σχεδιασμός και ανάπτυξη διδακτικού υλικού σε διαδικτυακό περιβάλλον (WORD WIDE WEB)
• Εξ αποστάσεως εκπαίδευση - Η εκπαιδευτική χρήση του Διαδικτύου (Διαδίκτυο)
• Αξιολόγηση εκπαιδευτικού λογισμικού
• Ψηφιακά Μέσα, Συμμετοχικό Βίντεο και Μετασχηματιστική Μάθηση
• Θεωρίες Μάθησης και Εκπαιδευτικό Λογισμικό
• Οι τεχνολογίες της πληροφορίας και των επικοινωνιών στην εκπαίδευση για την αειφόρο ανάπτυξη
• Το ψηφιακό παιχνίδι στην εκπαίδευση