O Μιχάλης Κλεισαρχάκης εργάζεται από τον Σεπτέμβριο του 2015, ως Εργαστηριακό Διδακτικό Προσωπικό (Ε.Δι.Π.) στο Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης του Πανεπιστήμιο Κρήτης στον Τομέα Εκπαιδευτικών Προγραμμάτων, Διδακτικής Μεθοδολογίας και Εκπαιδευτικής Τεχνολογίας με γνωστικό αντίκείμενο «ΤΠΕ στην Εκπαίδευση». Τα προηγούμενα δεκαοκτώ χρόνια εργαζόταν ως προγραμματιστής πολυμεσικών εφαρμογών και εφαρμογών διαδικτύου στο υπολογιστικό κέντρο του Πανεπιστημίου Κρήτης. Από το 2006 έως το 2010, δίδαξε το εργαστηριακό μάθημα «Τεχνολογίες Πολυμέσων» στο Τμήμα Εφαρμοσμένης Πληροφορικής με Πολυμέσα του Α.Ε.Τ.Ι. Κρήτης.