Η Σχολή Επιστημών Αγωγής του Πανεπιστημίου Κρήτης ιδρύθηκε το 1995 με το Π.Δ. 2/1995 (Φ.Ε.Κ. 1/10.1.1995, τ. Α’). Σε αυτή εντάχθηκαν το Παιδαγωγικό Τμήμα Δημοτικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Δ.Ε.) και το Παιδαγωγικό Τμήμα Προσχολικής Εκπαίδευσης (Π.Τ.Π.Ε.).
Και τα δύο αυτά Τμήματα λειτουργούσαν ήδη ως ανεξάρτητα σύμφωνα με το άρθρο 46, παρ. 1 του Ν. 1268/1982 και το Π.Δ. 320/1983. Από αυτά, το μεν Π.Τ.Δ.Ε. άρχισε να λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 1984-85, το δε Π.Τ.Π.Ε. από το ακαδημαϊκό έτος 1987-88.
Από την ίδρυσή της μέχρι σήμερα η Σχολή λειτούργησε και λειτουργεί σύμφωνα με όσα ορίζουν το άρθρο 10 του Ν. 1268/1982 και το άρθρο 6 του Εσωτερικού Κανονισμού λειτουργίας του Πανεπιστημίου Κρήτης (Υπουργική Απόφαση Φ1/375/Β1/696/24.11.2000, Φ.Ε.Κ. 1525/ 14.12.2000, τ. Β’) και ακολούθως σύμφωνα με τον Ν. 4485/2017, άρθρα 16 - 19.
Κύριο έργο της Κοσμητείας είναι ο συντονισμός των διδακτικών, ερευνητικών, μορφωτικών και επιστημονικών δραστηριοτήτων των δύο Τμημάτων, μάλιστα δε εκείνων που λόγω της φύσεώς τους δεν αντιβαίνουν στην αυτόνομη λειτουργία κάθε Τμήματος. Για το σκοπό αυτό, πραγματοποιούνται τακτικές συνεδρίες της Κοσμητείας, ανταλλάσσονται απόψεις και επιλύονται θέματα άμεσης προτεραιότητας. Ομοίως, ύστερα από κοινή γνώμη των μελών της, προωθούνται προς την Πρυτανεία θέματα λειτουργίας της Σχολής. Ο σκοπός της Σχολής, ο οποίος προσδιορίζεται από τους επιμέρους σκοπούς των δύο Τμημάτων της, συνίσταται στην προαγωγή των Επιστημών Αγωγής, την ανάπτυξη της διδασκαλίας και της έρευνας και την επιστημονική και επαγγελματική κατάρτιση του φοιτητή/της φοιτήτριας, αυριανού δασκάλου/ αυριανής δασκάλας και νηπιαγωγού.